孤独症病因复杂，遗传要素是孤独症的主要病因，环境要素会导致发病的可能性添加；脑器质性要素，孤独症患者存在整个大脑体积的增大、第四脑室扩大、额叶、脑干缩小等脑结构和功用的反常；神经生化要素，孤独症患者血中五羟色胺水平增高有关；别的，围生期不利要素与孤独症的发生也有关系，比如母孕龄高、先兆流产、病毒感染、服药、难产或胎位反常、低出世体重儿、出世窒息等。